Aguas Territoriales y Zona Económica Exclusiva
Luego de proclamada la independencia y obtenida la soberanía, Indonesia tuvo que hacer leyes para reglamentar los mares de acuerdo a la estructura geográfica de un Estado archipiélago. Esto, sin embargo, no significó que el país fuera a impedir el tránsito internacional. Las leyes son un instrumento necesario para la unidad y el renacer nacional de un país cuyo territorio se compone de islas, islotes y mares circundantes.
En vista de la probabilidad de intervención extranjera desde el mar, y por razones internas de seguridad, el 13 de diciembre de 1957, el gobierno indonesio emitió una declaración sobre las aguas territoriales de la república. Esta declaración establecía que todas las aguas alrededor y entre las islas del territorio, estaban bajo la esfera de la soberanía de Indonesia. También establecía que el límite de las aguas territoriales sería de 12 millas, tomadas desde una línea de base recta, trazada por los puntos más salientes de las islas.
En el pasado, los archipiélago como Indonesia habían determinado unilateralmente una zona económico exclusiva de 200 millas. Hoy, tales zonas están confirmadas por la Convención Internacional sobre Derecho de Mar, la cual fue ratificada por el Gobierno Indonesio el 18 de octubre de 1983, por Acta Nº 5 del mismo año. Este es el sustento legal para la Zona Económica exclusiva de Indonesia.
Lagos y Rios
Además del gran número de montañas y colinas, mucho ríos atraviesen el país. En algunas islas sirven como el medio más conveniente de transporte, tal es el caso de los ríos Musi, Batanghari, Indragiri y Kampar en Sumatra; los ríos Kapuas, Barito, Mahakam y Rejang en Kalimantan, y los ríos Memberamo y Digul en Irian Jaya. En Java, los ríos son importantes en cuanto a la irrigación, como por ejemplo el Bengawan Solo, el Citarum y el Brantas.
Algunas de las islas están dotadas de hermosos lagos, tales como Lagos Toba, Maninjau y Singkarak en Sumatra; el Tempe, Towuti, Sidenreng, Poso, Limboto, Tondano y Matan en Sulawesi, y el Paniai y Sentani en Irian Jaya
